Sông Vân nằm bên 2 quốc lộ chính ở thành phố Ninh Bình, đó là quốc lộ 1A nối từ thành phố Tam Điệp tới cầu Lim và quốc lộ 10 nối từ cầu Lim tới chợ Rồng, đều là những tuyến đường và những công trình gắn với lịch sử hình thành thành phố này. Thực chất sông Vân các sông nhánh của sông Vạc tại cầu Yên với sông Đáy tại ngã ba chân núi Non Nước. Đoạn mang tên sông Vân có chiều dài trên 7 km, chỗ rộng nhất tới 300 m. Từ sông Vân có thể kết nối thông thủy với các sông khác là sông Sào Khê, sông Chanh, sông Hệ - sông Ngô Đồng.

Sông Vân và công viên cây xanh hai bên bờ đồng thời là ranh giới tự nhiên giữa các phường Nam Thành, Vân Giang với phường Thanh Bình của thành phố Ninh Bình. Có 6 cầu bắc qua sông này gồm: cầu Vòm, cầu Vũng Trắm, cầu Lim, cầu Trà Là, cầu Vân Giang và cầu Âu Vân.

Ở cửa sông Vân, nơi nối với sông Đáy đã được xây dựng công trình âu thủy lợi để phục vụ nông nghiệp nên dòng chảy của sông đã được điều tiết.